Die Oberfläche des Bezirkes Prešov ist deutlich uneben, mit verhältnismäßig hohen Gebirgen, von denen Vysoké Tatry am höchsten ist.
Der höchste Ort des Bezirkes Prešov ist Gerlachovský štít (2655 m ü. M.) in Vysoké Tatry, der zugleich auch der höchste Berg der Slowakischen Republik ist.
Der tiefste Ort befindet sich dort, wo der Fluss Ondava den Bezirk verlässt, auf dem Gebiet des Dorfes Nižný Hrušov (105 m ü. M.).