Na úrade sa stanovujú tieto stupne riadenia:
a) predseda
b) podpredsedovia (v prípadoch podľa bodu 2. článku VII organizačného poriadku)
c) riaditeľ úradu
d) zástupca riaditeľa
e) hlavný kontrolór
f) vedúci odborov, vedúci kancelárie predsedu a vedúci oddelení.
Predseda zastupuje samosprávny kraj navonok, je štatutárnym orgánom samosprávneho kraja v majetkovoprávnych vzťahoch, v pracovnoprávnych vzťahoch a v iných vzťahoch. Rozhoduje aj o veciach, v ktorých zákon zveruje samosprávnemu kraju rozhodovanie o právach a povinnostiach právnických osôb a fyzických osôb v oblasti verejnej správy okrem vecí, o ktorých na jeho návrh rozhoduje organizačný útvar úradu určený v tomto organizačnom poriadku úradu.
Podpredsedovia riadia a zodpovedajú za činnosť detašovaných pracovísk a zastupujú predsedu v rozsahu určenom predsedom .
Riaditeľ úradu riadi a organizuje prácu úradu a plní úlohy podľa pokynov predsedu a zodpovedá mu za svoju činnosť, ďalej priamo riadi, organizuje a kontroluje činnosť vedúcich odborov úradu, okrem vedúceho odboru SO/RO pre ROP a vedúceho oddelenia informatiky .
Zástupca riaditeľa úradu plní úlohy podľa čl. IX bod 2 organizačného poriadku.
Hlavný kontrolór riadi činnosť útvaru hlavného kontrolóra a zodpovedá za jeho činnosť.
Odbory, oddelenia úradu a kancelária predsedu, sú riadené ich vedúcimi zamestnancami. Vedúci zamestnanci podľa predchádzajúcej vety zodpovedajú za plnenie úloh a za výkon práce zamestnancov odboru, oddelenia a kancelárií .
Vedúci odborov, okrem odboru SO pre IROP, zodpovedajú riaditeľovi za výkon činnosti na nimi riadených úsekoch a za dodržiavanie všetkých platných právnych predpisov a vnútorných noriem samosprávneho kraja.